En vespres de la destrucció de Jerusalem per la tropes romanes de Tito, un jove membre de la família de Jesucrist posa fora de perill les memòries de Santiago el Just. Mil anys després, el document es troba de nou en la Jerusalem assetjada pels croats, on la comunitat jueva pretén utilitzar-ho com a prova de la seua innocència en la mort de Jesús i els caps cristians tracten d’impedir que el seu missatge provoque un cisma en l’Església. Jerusalem narra la història d’uns personatges antagònics però les destinacions dels quals semblen condemnats a creuar-se. Junts lluitaran per la Ciutat Santa, però també per si mateixos i pels quals estimen, intentant al mateix temps conservar la seua dignitat davant el despietat fanatisme i la intolerància més feroces cada dia, i que presagien la insensata matança final.